BloodChIP Xtra：血液中基因調(diào)控?cái)?shù)據(jù)庫(kù)

       造血系統(tǒng)是脊椎動(dòng)物最具特征的發(fā)育系統(tǒng)之一，是成體干細(xì)胞多譜系分化的模型系統(tǒng)。造血干細(xì)胞（HSC）通過(guò)其自我更新或分化為成熟細(xì)胞類(lèi)型的能力來(lái)維持循環(huán)血細(xì)胞的產(chǎn)生。最原始的HSC具有多譜系潛力，但會(huì)產(chǎn)生譜系限制增加的祖細(xì)胞。然而，控制人類(lèi)成年HSC及其后代身份的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的組成部分和層次結(jié)構(gòu)，以及它們?cè)诎籽〖?xì)胞中被劫持或重新激活的機(jī)制，仍不完全清楚。

       譜系決定轉(zhuǎn)錄因子（TF）及其結(jié)合和調(diào)節(jié)的基因組區(qū)域是控制細(xì)胞身份的關(guān)鍵組成部分。了解轉(zhuǎn)錄因子如何在造血干細(xì)胞和祖細(xì)胞分化過(guò)程中相互合作并與其他基因組調(diào)節(jié)因子相互作用以調(diào)節(jié)基因表達(dá)，是提高我們對(duì)正常血液發(fā)育以及這些過(guò)程在白血病中如何被破壞的理解的關(guān)鍵。

       BloodChIP-Xtra是一個(gè)用戶(hù)友好的數(shù)據(jù)庫(kù)，有助于全基因組探索和可視化罕見(jiàn)的原代人類(lèi)造血干細(xì)胞（HSC-MPP）和祖細(xì)胞（CMP、GMP、MEP）以及急性髓系白血病（AML）細(xì)胞系（KG-1、ME-1、Kasumi1、TSU-1621-MT）中的轉(zhuǎn)錄因子（TF），以及來(lái)自這些和原發(fā)性患者AML的染色質(zhì)可及性和基因表達(dá)數(shù)據(jù)。用戶(hù)可以導(dǎo)出所有查詢(xún)以及完整的數(shù)據(jù)庫(kù)，以便進(jìn)行進(jìn)一步的數(shù)據(jù)分析。 http://bloodchipxtra.vafaeelab.com/

l  SEARCH-按照基因名

       首先，選擇需要展示的轉(zhuǎn)錄因子和表觀修飾基因，以及細(xì)胞類(lèi)型：

       然后，數(shù)據(jù)基因列表，格式如下：

       點(diǎn)擊“Search”進(jìn)行搜索后，結(jié)果會(huì)在下方進(jìn)行展示：

       點(diǎn)擊結(jié)果中的藍(lán)色字體可以查看該結(jié)果下的詳細(xì)信息，如“TF”：

       點(diǎn)擊下方的“Export XXX”即可將搜索結(jié)果以csv格式進(jìn)行下載。

II  SEARCH-按照轉(zhuǎn)錄因子

       除根據(jù)基因名進(jìn)行搜索，還可以根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行搜索。點(diǎn)擊“Add Filter”添加感興趣的基因后，點(diǎn)擊“Apply Filter”：

       結(jié)果中將展示由以上轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的所有基因：