單細胞lncRNA測序（scRNA-lncRNA seq）

       普通單細胞轉錄測序（scRNA-seq）分析主要依賴于編碼基因表達進行細胞分型等分析，而研究表明相比蛋白編碼基因，lncRNA具有更強的細胞特異性。在傳統(tǒng)Bulk-seq檢測中，在細胞亞群或單個細胞中的高表達lncRNA往往在組織水平表現(xiàn)為低表達。而單細胞lncRNA測序則可顯著提升對細胞亞群特異性lncRNA的檢測能力。

實驗流程

研究案例
通過單細胞RNA測序評估心臟非編碼轉錄組發(fā)現(xiàn)一種保守的促纖維化長非編碼RNA FIXER（Circulation，IF: 37.8  Q1）.
       心臟成纖維細胞在心臟中起著至關重要的作用。尤其是，成纖維細胞在受損的心肌中分化為肌成纖維細胞，促成瘢痕形成和間質纖維化。纖維化與心臟功能障礙和衰竭有關。由于缺乏肌成纖維細胞特異性標記物，因此無法開發(fā)靶向療法。與蛋白編碼基因相比，lncRNAs具有更廣泛的細胞特異性，這表明它們決定細胞特性方面具有關鍵作用。研究人員通過單細胞深度測序分析了心肌梗死后心臟非肌細胞中的lncRNA轉錄組，并探究了成纖維細胞和肌成纖維細胞群體的異質性。作者分析了在相關的肌成纖維細胞亞群中富集的lncRNA, 并篩選到候選lncRNA FIXER(纖維化lox位點增強子RNA)。研究人員發(fā)現(xiàn)沉默F(xiàn)IXER限制了纖維化并改善了梗死后的心臟功能。
       研究總共捕獲可以在8,413個來自假手術或梗死心臟組織的細胞，平均每個細胞得到20M reads數(shù)據(jù)。在所有細胞中檢測到21,929個編碼基因和29,107個長非編碼基因?；趌ncRNA表達的UMAP分析得到7個細胞clusters（圖1），并篩選到肌成纖維細胞中特異表達的lncRNA Fixer（圖2）。在小鼠心梗模型中，體內干擾Fixer表達顯著減少心臟纖維化和重塑（圖3）。

圖1 基于lncRNA表達的UMAP圖及相關分析


圖2 lncRNA篩選流程及Fixer在基因組位置示意圖

圖3 Fixer沉默抑制心梗模型心臟纖維化及重塑

本公司單細胞測序分析內容：

分析結果可視化結果

 
圖1 PCA聚類分析               圖2 UMAP細胞聚類

   
圖3 鑒定到marker基因              圖4 注釋細胞類群

 
圖5 細胞間通訊分析            圖6 擬時序分析

           
圖7 RNA速率分析                  圖8 轉錄因子活性分析

scRNA-seq送樣要求：
       新鮮組織、血液樣本、單細胞懸液寄送：

參考文獻

Aghagolzadeh P, Plaisance I, Bernasconi R, et al. Assessment of the Cardiac Noncoding Transcriptome by Single-Cell RNA Sequencing Identifies FIXER, a Conserved Profibrogenic Long Noncoding RNA [published online ahead of print, 2023 Jul 10]. Circulation. 2023;10.1161/CIRCULATIONAHA.122.062601.  IF: 37.8 Q1