scBrainMap:大腦中細胞類型和相關(guān)遺傳標記的景觀

欄目:最新研究動態(tài) 發(fā)布時間:2023-08-21
得益于單細胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù),scBrainMap建立了一個針對幾個物種的腦細胞類型和相關(guān)遺傳標記的數(shù)據(jù)庫......


       腦細胞類型的多樣性是神經(jīng)元回路的基本組成部分?,F(xiàn)代神經(jīng)科學的一個主要目標是破譯各種類型的細胞組成并表征其特性。由于神經(jīng)元細胞的高度異質(zhì)性,直到最近,還不可能以高分辨率對腦細胞類型進行分組。得益于單細胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù),scBrainMap建立了一個針對幾個物種的腦細胞類型和相關(guān)遺傳標記的數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫包含4881種細胞類型。scBrainMap使用戶能夠針對不同的感興趣細胞類型執(zhí)行定制的、交聯(lián)的、生物學相關(guān)的查詢。
       https://scbrainmap.sysneuro.net/#/home

  • Cell types

       用戶可以搜索目標基因以找到其潛在信息,也可以選擇物種來篩選標記并查看進一步的信息,還可以使用不同類型的標記基因選擇:


       點擊感興趣的物種及其細胞類型后將在頁面下方展示所有結(jié)果,接下來可以通過選擇特定的細胞/疾病等信息進行結(jié)果篩選:


       繼續(xù)點擊某一特定細胞類型,將跳轉(zhuǎn)至該細胞的詳情頁,可以瀏覽該細胞的數(shù)據(jù)來源、top20的marker基因:

  • Brain regions

       用戶可以選擇感興趣的物種來尋找不同大腦區(qū)域的遺傳標記,也可以點擊不同的大腦區(qū)域來篩選它們的細胞類型:


       以“Human”為例,在圖中點擊感興趣的區(qū)域即可在下方顯示細胞類型信息:

  • Conditions

       用戶也可以通過選擇發(fā)育階段或疾病類型來尋找遺傳標記:


       以“Disease”為例,在左側(cè)欄選擇物種后,點擊感興趣的疾病類型,即可瀏覽下?lián)茴愋托畔ⅲ?br/>