27分文章揭示lncRNA直接結(jié)合mRNA

      近年來(lái)，長(zhǎng)鏈非編碼RNA（(long noncoding RNA, lncRNA)）的研究熱度持續(xù)升溫，高分文章頻出。目前，lncRNA的研究機(jī)制比較常見的是通過ceRNA機(jī)制或結(jié)合蛋白調(diào)控mRNA，而LncRNA直接結(jié)合mRNA的研究報(bào)道相對(duì)較少。下面要講的文獻(xiàn)（Analysis of the androgen receptor–regulatedlncRNA landscape identifies a role for ARLNC1in prostate cancer progression），研究?jī)?nèi)容只來(lái)回圍繞一個(gè)mRNA和一個(gè)LncRNA之間的相互調(diào)控就發(fā)27分雜志。

首先看下機(jī)制圖：

   是否驚訝27分的文獻(xiàn)機(jī)制竟如此簡(jiǎn)單？一般的高分文章都會(huì)很復(fù)雜且涉及n多個(gè)分子！這篇文章揭示AR蛋白作用于LncRNA ARLNC1的啟動(dòng)子區(qū)，促進(jìn)ARLNC1的轉(zhuǎn)錄，而ARLNC1又于AR mRNA直接結(jié)合促進(jìn)穩(wěn)定和翻譯，從而形成一個(gè)正反饋回路。

研究路線：

1.篩選前列腺癌中受AR調(diào)控的基因

   雄激素受體（AR）在前列腺癌中起重要作用，因此作者研究AR調(diào)控的基因。通過RNA seq檢測(cè)DHT處理和未處理的前列腺癌細(xì)胞（n=3）,篩選受AR調(diào)控的的mRNA和lncRNA (A). 并通過TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)篩選與前列腺癌相關(guān)的mRNA和lncRNA（B）,最后發(fā)現(xiàn)幾個(gè)被AR正調(diào)控且在前列腺癌中上調(diào)mRNA 和lncRNA (C)

2.ARLNC1 為前列腺譜系特異性lncRNA，且在癌癥中高表達(dá)

   通過整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)ARLNC1差異受AR調(diào)控最明顯，且在前列腺癌中特異表達(dá)，因此選為目標(biāo)基因，進(jìn)行下一步研究。

3.ARLNC1調(diào)控AR信號(hào)通路

   確定目標(biāo)后就是研究ARLNC1的下游通路，通過siRNA干擾ARLNC1進(jìn)行表達(dá)普芯片檢測(cè)，功能富集后發(fā)現(xiàn)下游基因與AR相關(guān)，這就可能ARLNC1又反饋調(diào)控AR。

4.ARLNC1和AR轉(zhuǎn)錄本共定位

   接下來(lái)作者直接研究ARLNC1是否直接結(jié)合AR mRNA。首先預(yù)測(cè)兩個(gè)RNA之間是否又結(jié)合位點(diǎn)，通過熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)驗(yàn)證兩者結(jié)合，通過FISH在細(xì)胞核組織中驗(yàn)證兩個(gè)RNA轉(zhuǎn)錄本共定位。

1.ARLNC1作為AR陽(yáng)性前列腺癌模的治療靶點(diǎn)

   最后就是將通路回到體內(nèi)驗(yàn)證