胰腺導管腺癌相關的隔室特異性lncRNA的綜合分析

欄目：最新研究動態(tài) 發(fā)布時間：2018-05-23

胰腺導管腺癌是一種高度轉移的，且治療方法有限的疾病。基因組和轉錄組層面的分析已經鑒定出相關的信號通路和驅動基因......

胰腺導管腺癌相關的隔室特異性lncRNA的綜合分析(Arnes, Liu et al. 2018)

胰腺導管腺癌是一種高度轉移的，且治療方法有限的疾病?；蚪M和轉錄組層面的分析已經鑒定出相關的信號通路和驅動基因，并衍生出相應的治療方法。但是這些研究都是針對大量樣本，主要集中在對只占基因組很小部分的蛋白編碼基因的分析。因此，作者研發(fā)出一套計算方法，可以從RNA-Seq數(shù)據(jù)中重構建非編碼基因轉錄本，整合分析體細胞拷貝數(shù)目的變化，以及與胰腺導管腺癌風險性相關的共同種系變異。作者在配對的激光捕獲顯微切割的人胰腺癌的上皮細胞和基質細胞的RNA-Seq數(shù)據(jù)中驗證了這種計算方法，并對隔室特異的基因進行了注釋。進一步地，作者采用系統(tǒng)的和實驗生物學的方法研究發(fā)現(xiàn)胰腺導管腺癌中與遺傳特征和臨床效果相關的lncRNA的功能，發(fā)現(xiàn)了一類胰腺導管腺癌相關的lncRNA。然后作者通過生物學和臨床意義界定了這些lncRNA的分子亞型。RNA-Seq篩選出富集于隔室（上皮細胞或基質細胞）的lncRNA，結合體細胞拷貝數(shù)目的變化和單核苷酸多態(tài)性挑選出目的lncRNA。系統(tǒng)生物學和實驗功能分析發(fā)現(xiàn)2個上表皮細胞的lncRNA（LINC00673和FAM83H-AS1）可能調控胰腺癌組織樣本和胰腺癌細胞系中的轉錄模式。

研究路線圖：